Вы имеете возможность изменить версию установленного программного обеспечения двумя способами:

1) способ:

Переустанавливаете сервер выбрав шаблон "FreeBSD".

Затем выполняете:

fetch http://download.ispsystem.com/install.sh
sh install.sh

И в окошечке которое открылось выбираем необходимое программное обеспечение для установки.

2) способ:

Покажем на примере PHP. В данном случае мы обновим PHP с четвертой версии на пятую.

Заходим на сервер по протоколу SSH и выполняем следующие команды:

sudo -s - получаем права суперпользователя (root)
pkg_info | grep php - находим точное название php-пакета
pkg_delete -r php4.32 - удаляем пакет, вместе со всеми зависимостями. (php4.32 заменить на точное имя пакета)
portsnap fetch - обновляем дерево портов
portsnap extract

cd /usr/ports/lang/php5
make config - выбираем необходимые настройки
make install clean - устанавливаем программу

cd /usr/ports/lang/php5-extensions
make config - выбираем необходимые настройки
make install clean - устанавливаем программу
apachectl restart - перезапускаем Apache, чтобы увидеть изменения.